Portraits, intérieurs, expositions, œuvres graphiques et céramiques de Rafael Bordalo Pinheiro sont les thèmes de la collection de photographie du Musée.
Elle est notamment composée des ensembles relatifs à la famille Bordalo Pinheiro, à la Fábrica de Faianças das Caldas da Rainha, à Cruz Magalhães, à Julieta Ferrão et au Musée. La collection abrite des tirages réalisés en studio par des photographes réputés, mais aussi des clichés pris en plein air et par des photographes amateurs. On y recense plus de cent studios de photographie, surtout à Lisbonne, Porto, Paris et Rio de Janeiro. Ce fond comprend environ 1 800 articles.